Trong nỗ lực chạy đua nhiệm kỳ tổng thống lần thứ ba, Fujimori đã thu hút chỉ trích quốc tế vì những lạm dụng và đối mặt với thách thức mạnh mẽ bất ngờ từ Alejandro Toledo, một giáo sư kinh doanh. Trong cuộc tranh cử tháng 4, không ứng cử viên nào giành được 50% số phiếu và cuộc bầu cử phải được tổ chức lại vào tháng 5. Tuy nhiên Toledo đã tẩy chay cuộc bầu cử vì cho rằng đã có gian lận, và Fujimori được tái đắc cử.

Nhiệm kỳ tổng thống của Fujimori bắt đầu rắc rối tháng 9 năm 2000 khi người đứng đầu cơ quan tình báo của ông là Vladimiro Montesinos có dính líu đến mộ vụ bê bối tham nhũng. Một đoạn băng video phát trên truyền hình Peru cho thấy Montesinos đang hối lộ một nhà chính trị đối lập. Cảnh phim đã củng cố lại những tố cáo gian lận xung quanh cuộc bầu cử nhiệm kỳ thứ ba của Fujimori. Sau khi sa thải Montesinos, đã chạy trốn qua Panama, Fujimori kêu gọi một cuộc bầu cử tổng thống sớm vào tháng 4 năm 2001 và hứa không chạy đua nữa. Quyền lực của Fujimori đã sụp đổ tháng 11 năm 2000. Một nỗ lực được công khai dẫn đến việc bắt giữ Montesinos, đã trở về Peru tháng sau, đã thất bại khiến cho uy tín chính trị của Fujimori yếu đi. Đến giữa tháng 11, Fujimori phải đối mặt với phe đối lập về cáo buộc tham nhũng và gian lận.